Molti musei stranieri possiedono opere italiane passate dalle mani dell’illustre antiquario, acquistate direttamente da lui o pervenute tramite lascito di importanti collezionisti. Nel 1880 Bardini decise di acquisire l’antico convento di San Gregorio alla Pace, chiesa costruita nel 1273 in piazza de’ Mozzi a ricordo dell’avvenuta pace tra guelfi e ghibellini, e di trasformarlo in un prestigioso negozio, vetrina privilegiata per i propri clienti. La facciata del nuovo palazzo venne progettata seguendo lo stile neocinquecentesco fiorentino e a tal fine Bardini acquistò alcuni altari da una chiesa pistoiese e li rimpiegò come finestre. Ogni ambiente venne studiato appositamente per creare atmosfere particolari ricorrendo a grandi finestroni, velari o soffitti a cassettoni forati. Le opere da esporre furono collocate su suggestive pareti blu di varia gradazione, così originale da prendere il nome di “Blu Bardini”. Gli ambienti espositivi seguivano una precisa disposizione per simmetrie e per costruzioni piramidali. In brevissimo tempo il palazzo di piazza de’ Mozzi divenne meta dei più importanti collezionisti e direttori dei musei del mondo. Poco prima dello scoppio delle prima guerra mondiale, Bardini decise di chiudere il negozio e dedicarsi ad organizzare la sua personale Galleria. L’illustre antiquario morì nel capoluogo toscano nel settembre del 1922 lasciando, per via testamentaria, il suo palazzo con la collezione di opere d’arte al Comune di Firenze. Quest’ultimo, non condividendo la sistemazione data alle opere da Bardini, decise di ristrutturare l’edificio e la collezione, stravolgendo le idee del suo ideatore: le pareti blu vennero scialbate e tinteggiate di ocra e molti manufatti di elevato livello vennero rilegati nei depositi. La collezione di opere d’arte di Stefano Bardini venne incrementata con pezzi provenienti dalle raccolte comunali e nel 1925 il palazzo fu aperto al pubblico sotto il nome di Museo Civico.

L’attuale allestimento è frutto di un’intensa attività di studio e di restauro durato dieci anni (1999-2009) e segue il progetto originale voluto dal suo fondatore. La ristrutturazione ha consentito di poter esporre nuovamente l’intera collezione Bardini nei modi e nei colori voluti dall’antiquario. Su suggestive pareti blu le opere sono disposte per genere, secondo un preciso canone estetico e scenografico. Una sala ospita i reperti del Museo Civico. I pezzi esposti rivelano lo stretto legame con la città e provengono dallo smantellamento del vecchio centro cittadino avvenuto nel 1881 e dalle chiese acquisite dal Comune in seguito alla soppressione degli enti ecclesiastici del 1886. Nella stessa sala trovano posto anche importanti simboli delle Città come il Porcellino di Pietro Tacca e il Diavolino del Giambologna.