Cappella Brancacci in Santa Maria del Carmine

Intanto, grazie alla progressiva acquisizione di terreni circostanti, il complesso comincia ad espandersi con la costruzione degli ambienti conventuali; a partire dal tardo Duecento sorgono il primo chiostro, il dormitorio, il refettorio, la sala capitolare, l'infermeria. Fra il Tre e il Quattrocento si moltiplicano gli interventi di decorazione dei nuovi locali, come attestano gli affreschi ancora presenti o staccati. Cresce nel frattempo l’importanza del convento, presso i cui ambienti si insediano varie compagnie laicali. Nel XIV secolo esso diventa Studium Generale, ovvero Università con facoltà di conferire i gradi accademici, e dà l'abito a Sant'Andrea Corsini (1301-1374).
L'assetto della chiesa viene alterato già nel Cinquecento quando, analogamente ad altre chiese fiorentine, anche questa subisce consistenti lavori di adeguamento ai precetti dettati dal Concilio di Trento. Per volontà del Duca Cosimo I, infatti, l'architetto Giorgio Vasari rimuove il tramezzo, colloca il coro nel presbiterio e rinnova completamente gli altari. Intensi lavori di ammodernamento interessano successivamente anche gli ambienti conventuali: fra il 1597 e il 1612 viene ristrutturato il primo chiostro, che comporta la perdita del celebre affresco della Sagra di Masaccio; poi vengono costruiti il secondo refettorio, detto Sala Vanni dall'autore dell'affresco che lo decora (ca. 1645), e la nuova biblioteca.
Un terribile incendio scoppiato nel 1771 provoca la distruzione degli interni della chiesa e la perdita di larga parte dei suoi arredi. Ne sono risparmiate l'antica Sagrestia (decorata da affreschi dell'inizio del Quattrocento), la Cappella Brancacci e la Cappella Corsini (1675-1683), raro e pregevole esempio di barocco romano a Firenze. Entro pochi anni la chiesa viene completamente rinnovata in stile tardo-barocco dall'architetto Giuseppe Ruggieri, affiancato dai pittori Giuseppe Romei e Domenico Stagi, assumendo l'aspetto che la caratterizza ancora oggi. 

L'iniziativa di decorare la cappella, fondata dalla famiglia Brancacci nel tardo Trecento, si deve al ricco mercante Felice Brancacci che nel 1423, di ritorno dall'Egitto, commissiona l'esecuzione degli affreschi. Alle Storie di San Pietro, santo a cui era in origine intitolata la cappella, lavorano insieme Masolino e Masaccio ; a causa della partenza del primo per l'Ungheria e del secondo per Roma, nel 1427 gli affreschi rimangono però incompiuti. In seguito all'esilio del Brancacci (1436), caduto in disgrazia per le sue simpatie antimedicee, i frati del convento fanno cancellare i ritratti di tutti i personaggi legati alla sua famiglia e nel 1460 intitolano la cappella alla Madonna del Popolo, inserendovi la venerata tavola duecentesca. Soltanto negli anni 1481-1483 Filippino Lippi effettuerà il ripristino e il completamento delle scene mancanti. I dipinti rischiano più volte di andare perduti: nel 1680 la Granduchessa Vittoria della Rovere si oppone al proposito del marchese Ferroni di trasformare la cappella in stile barocco, ma alla metà del Settecento vengono effettuati interventi di ammodernamento che distruggono le pitture della volta e delle lunette. Scampata all'incendio che nel 1771 devasta l'interno della chiesa, la cappella è acquistata nel 1780 dai Riccardi, che rinnovano altare e pavimento. Gli affreschi, trascurati per tutto l'Ottocento, vengono sottoposti a spolveratura nel 1904; l'intervento di restauro effettuato nel 1981-1989 ha finalmente permesso di recuperare la loro limpida e brillante cromia.